Allerede i 1939 fikk Kornsiloen den prestisjetunge Houens Fonds Pris for god arkitektur og ble regnet som et av de fremste eksempler i Norge på funksjonalistisk arkitektur. Det er arkitekt Magnus Wåge som er prosjektleder for arkitektgruppa bestående av tre kontor, Wåge Arquitectes, Bax Studio og Medoza Partida, som har vunnet oppgaven med det nye arkitekturdesignet gjennom en konkurranse. Juryen påpekte at designet oppnådde eleganse ved å utnytte siloens kvaliteter med iboende romlige og skulpturelle opplevelser, noe som gir museet en unik og sterk karakter. Wåge forteller om visjonen for arkitekturen:
- Den arkitektoniske visjonen var å beholde siloen i anlegget og at selve siloen skulle bli en sentral skulptur som skulle speile bygningens historie. Siloen har en fantastisk romlighet og vi ville ha den som en sentral foaje til museet. Samtidig var vi opptatt av at det på utsiden skulle beholde så mye av det originale uttrykket, altså beholde den arkitektoniske grammatikken fra Korsmo og Aasland. Det har vært et veldig spennende prosjekt hvor vi jobbet med å bevare en industrihistorisk bygning og samtidig tenkt videre utvikling.